Trước nay nhắc đến Nguyễn Phi Khanh người ta thường nhắc đến cố sự ông ta bị giặc Minh bắt rồi khuyên con (Nguyễn Trãi) về phò minh chủ cứu nước: “khi Nguyễn Phi Khanh bị bắt, Nguyễn Trãi định theo hầu cha, nhưng Nguyễn Phi Khanh bảo con mình là phải biết yêu nước, lấy tổ quốc làm trọng: “con là người có học, có tài, nên quay về tìm cách rửa nhục cho đất nước, trả thù cho cha, như thế mới là báo hiếu, đâu phải cứ theo khóc lóc là báo hiếu sao”?”
Tuy nhiên, nếu lục tìm trong chính sử, chúng ta lại thấy sự việc không được bi tráng như thế. Toàn thư ghi nhận như sau:
“Ngày 12, đầu mục bộ hạ của Mạc Thuý là bọn Nguyễn Như Khanh bắt được Hồ Hán Thương và thái tử Nhuế ở núi Cao Vọng.
Bọn Hồ Đỗ, Phạm Lục Tài, Nguyễn Ngạn Quang, Đoàn Bồng đều bị bắt.
Bọn Trần Nhật Chiêu, Nguyễn Phi Khanh, Nguyễn Cẩn, Đỗ Mãn đều đã đầu hàng từ trước.”
Theo chính sử nước ta, Nguyễn Phi Khanh đã chủ động đi hàng giặc chứ không hề bị giặc bắt hay đóng gông lập cũi gì cả, và đây cũng không phải những trường hợp hiếm gặp mà ngược lại khá phổ biến ở lúc bấy giờ. Trần Thúc Dao cậu Nguyễn Trãi cũng hàng giặc như thế này và sau bị quân Hậu Trần nổi lên giết chết.
Điều này, một lần nữa được xác nhận trong Minh sử:
“ Ngày 27 tháng 03 năm Vĩnh Lạc thứ 5 ( 1407)….
… Liễu Thăng lại dùng thuỷ quân đánh chéo, giặc thua to, bắt sống Thượng thư bộ Công Nguyễn Hy Chu, chém Dực vệ tướng quân nguỵ Hồ Xạ cùng tướng tốt vài vạn người, khiến nước sông đỏ lên vì máu. Thừa thắng đuổi dài qua Hoàng Giang đến cửa Muộn; Tại cửa sông bắt gặp thuyền giặc nhiều không kể xiết. Cha con giặc họ Lê ( Hồ Quý Ly) chỉ còn vài chiếc thuyền trốn chạy thoát thân.
Thượng thư bộ lại Phạm Nguyên lãm, Đại lí tự khanh NGUYỄN PHI KHANH, Thiên vệ tướng quân Trần Nhật Chiêu, Hoa Ngạch tướng quân Lê Uy của nguỵ, ĐỀU ĐẾN ĐẦU HÀNG Trương Phụ.”
Những nguồn tư liệu nói về việc Nguyễn Phi Khanh bị giặc bắt và khuyên con về cứu nước rất lờ mờ, mang đậm chất tiểu thuyết, đa số khởi xuất từ thời Lê Trung Hưng so với chính sử độ đáng tin càng thấp hơn một bậc.
Ngược về hành trang thời trai trẻ của Nguyễn Phi Khanh ta lại thấy một sự kiện không được vẻ vang cho lắm, toàn thư ghi nhận: “Ứng Long nhân gần gũi lả lơi, làm thơ ca quốc ngữ khêu gợi Thái, thông dâm với Thái… Thái có thai, Ứng Long bỏ trốn. Đến ngày Thái đẻ, Nguyên Đán hỏi Ứng Long ở đâu. Người nhà trả lời là Ứng Long sợ tội trốn đi rồi”
Nói đơn giản là, chàng trai trẻ Ứng Long (Nguyễn Phi Khanh) thông dâm làm con gái nhà người ta có bầu rồi sợ tội trốn mất.
Nói ngay như tiêu chí ngày nay, làm con gái nhà người ta có bầu rồi bỏ trốn nó cũng đã được gọi là đê tiện, chứ chưa nói đến vào cái thời xưa, khi con gái lấy danh tiết làm đầu, khi mà có bầu chửa hoang bị gọt đầu, bôi vôi thả trôi sông, hoặc có tốt lắm cũng phải sống trong mắng nhiếc điều tiếng đến hết đời.
Vì vậy, nhẹ thì có thể nói rằng Nguyễn Phi Khanh nhân cách tầm thường, gặp người nói nặng thì đây là kẻ hèn nhát đê tiện.
Nhân cách như vậy thì chuyện thức thời hàng giặc vốn cũng chẳng phải kỳ lạ gì.