Sau cuộc tấn công của Đức vào Liên Xô, nhà lãnh đạo Nam Tư Josip Broz Tito dưới sự chỉ thị của Comintern (Đệ Tam Quốc tế) đã cử hai đại biểu Nam Tư là Miladin Popović và Dušan Mugoša đến Albania. Hai người này đã giúp đoàn kết các nhóm cộng sản Albania vào năm 1941.
Vào tháng 8/1941, Đảng Cộng sản Albania được thành lập thông qua thỏa thuận giữa các nhóm cộng sản ở Shkodër (do Vasil Shanto và Qemal Stafa lãnh đạo), nhóm cộng sản ở Korçë và Tirana (do Enver Hoxha lãnh đạo). Sau khi làm việc tích cực, Đảng Cộng sản Albania chính thức được thành lập vào ngày 8/11/1941 tại Tirana gồm 130 thành viên bởi hai đại biểu Nam Tư với Enver Hoxha từ chi bộ Korçë làm lãnh đạo và một Ủy ban Trung ương gồm 11 người. Ban đầu, đảng này ít thu hút được quần chúng, và ngay cả tổ chức thanh niên của nó cũng thu hút được rất ít tân binh.
Đến đầu năm 1942 các nhóm kháng chiến của riêng họ gồm 5-10 người. Vào cuối năm 1942, lực lượng du kích có số lượng không quá 8.000 đến 10.000 người. Những biệt đội này bắt đầu tham gia vào nhiều hành động phá hoại khác nhau đối với lực lượng Ý. Họ cũng bắt đầu tuyên truyền chống PX để thu hút sự chú ý và ủng hộ của quần chúng. Kể từ năm 1942, báo chí địa phương và các lãnh sự quán nước ngoài bắt đầu đưa tin về số lượng các vụ tấn công ngày càng tăng. Hành động phá hoại ngoạn mục nhất là sự gián đoạn tất cả các liên lạc điện báo và điện thoại ở Albania vào tháng 6 và tháng 7/1942.
Vào giữa năm 1942, Đảng đã kêu gọi những người trẻ tuổi đấu tranh để giải phóng đất nước của họ khỏi Ý. Việc tuyên truyền làm tăng số lượng tân binh bởi nhiều thanh niên háo hức với tự do. Vào tháng 9/1942, đảng đã tổ chức một tổ chức mặt trận bình dân, Phong trào Giải phóng Dân tộc (NLM), từ một số nhóm kháng chiến, trong đó có một số nhóm chống Cộng mạnh mẽ. Trong chiến tranh, các du kích do Cộng sản lãnh đạo, dưới hình thức Quân đội Giải phóng Quốc gia, đã phớt lờ những lời cảnh báo từ những người chiếm đóng Ý rằng sẽ có đòn trả đũa đối với các cuộc tấn công du kích. Ngược lại, các nhà lãnh đạo tính đến việc sử dụng mong muốn trả thù nhằm thu hút.
Vào ngày 17–22/2/1943 tại làng Labinot, hội nghị toàn quốc đầu tiên của Đảng đã diễn ra. Việc ước lượng tình hình chính trị và quân sự trong nước đã chỉ ra sự cần thiết phải tạo ra một đội quân giải phóng dân tộc đồng nhất. Một quyết định liên quan đến chiến thuật chiến tranh cũng đã được thực hiện. Họ thành lập các tiểu đoàn chính quy thứ nhất và thứ hai, sau đó nâng cấp trở thành lữ đoàn, hoạt động cùng với các đơn vị nhỏ hơn và không thường xuyên hiện có. Sự phản kháng đối với sự chiếm đóng đã gia tăng nhanh chóng khi các dấu hiệu suy yếu của Ý trở nên rõ ràng, khi nỗ lực của người Ý sụp đổ, hầu như toàn bộ vùng nội địa miền núi đã được kiểm soát bởi các đơn vị kháng chiến.
Vào ngày 17/5/1943, mười hai biệt đội du kích dưới sự chỉ huy đồng nhất đã tiến hành một cuộc tấn công vào đồn trú của Ý ở Leskoviku, nơi bảo vệ một ngã ba đường quan trọng. Các du kích đã bao vây thị trấn trong vòng vây chặt chẽ và tiến hành cuộc tấn công. Hơn 1.000 người Ý khi đó nắm giữ thị trấn. Trận chiến kéo dài ba ngày. Chỉ huy của đơn vị đồn trú đã yêu cầu yểm trợ trên không, nhưng trước khi yểm trợ đến, các du kích đã chiếm giữ thị trấn. Người Ý đã mất vài trăm binh sĩ và một số lượng đáng kể vũ khí và thiết bị.
Vào cuối tháng 6, người Ý bắt đầu một cuộc tấn công chống lại các du kích ở khu vực Mallakastra và Tepelena. Hai nghìn du kích chiếm các vị trí phòng thủ trên các đèo núi. Trong cuộc đụng độ đầu tiên, người Ý đã bị buộc phải rút lui, nhưng họ đã tiếp tục hành động vào ngày 14/7 với xe tăng, pháo binh và máy bay. Sau bốn ngày chiến đấu, các du kích đã bị tổn thất nặng nề và phải rút lui lên các vùng núi cao hơn. Nhìn chung từ tháng 5 đến tháng 7, quân Ý mất hàng nghìn người và nhiều người bị thương.
NLM chính thức thành lập Quân đội Giải phóng Quốc gia (NLA) vào tháng 7/1943 với Spiro Moisiu là chỉ huy quân sự và Enver Hoxha là sĩ quan chính trị. Họ có 20.000 lính chính quy và du kích trên chiến trường vào thời điểm đó. Tuy nhiên, các hoạt động quân sự của NLA vào năm 1943 nhằm chống lại các đối thủ chính trị trong nước của đảng, bao gồm các đảng tự do, dân tộc chủ nghĩa và quân chủ trước chiến tranh, cũng như chống lại các lực lượng chiếm đóng.
Các du kích cộng sản đã tập hợp lại và giành quyền kiểm soát phần lớn miền nam Albania vào tháng 1/1944. Tuy nhiên, họ phải hứng chịu các cuộc tấn công của quân Đức khiến họ phải rời khỏi một số khu vực nhất định cho đến tháng 6. Vào ngày 29/5/1944, họ đã triệu tập các thành viên của Mặt trận Giải phóng Quốc gia trong Đại hội Përmet, tổ chức này đã chọn một Hội đồng Giải phóng Quốc gia Chống PX làm cơ quan hành chính và lập pháp của Albania. Hoxha trở thành chủ tịch ủy ban điều hành của hội đồng và là chỉ huy tối cao của Quân đội Giải phóng Quốc gia.
Các du kích cộng sản đã đánh bại lực lượng Balli Kombëtar (Mặt trận Quốc gia, theo chủ nghĩa dân tộc Albania. Về sau theo chính phủ bù nhìn do Đức thành lập và chiến đấu như một đồng minh chống lại các nhóm du kích cộng sản) cuối cùng ở miền nam Albania vào giữa mùa hè năm 1944 và chỉ gặp phải sự kháng cự rải rác khi họ tiến vào miền trung và miền bắc Albania vào cuối tháng 7. Phái bộ quân sự Anh kêu gọi tàn dư của những người theo chủ nghĩa dân tộc không chống lại bước tiến của những người cộng sản, và Đồng minh đã triệu hồi các đại diện của họ đến Ý. Họ đã không sơ tán các nhà lãnh đạo theo chủ nghĩa dân tộc, mặc dù nhiều người đã chạy trốn.
Trước cuối tháng 11, quân chủ lực của Đức đã rút khỏi Tirana, và những người cộng sản đã giành quyền kiểm soát bằng cách tấn công nó. Một chính phủ lâm thời, mà những người cộng sản đã thành lập tại Berat vào tháng 10, quản lý Albania với Enver Hoxha làm thủ tướng.
Mối liên hệ chặt chẽ của NLF với những người cộng sản Nam Tư, những người cũng được sự hỗ trợ về quân sự và ngoại giao của Anh, đảm bảo rằng Belgrade sẽ đóng một vai trò quan trọng trong trật tự sau chiến tranh của Albania. Đồng minh không bao giờ công nhận một chính phủ Albania lưu vong hoặc Vua Zog và không đưa ra câu hỏi về Albania hoặc biên giới của nó tại bất kỳ hội nghị lớn nào trong thời chiến. Không có số liệu thống kê đáng tin cậy về những thiệt hại trong thời chiến của Albania, nhưng Cơ quan Cứu trợ và Phục hồi của Liên hợp quốc báo cáo khoảng 30.000 người Albania thiệt mạng trong chiến tranh, 200 ngôi làng bị phá hủy, 18.000 ngôi nhà bị phá hủy và khoảng 100.000 người mất nhà cửa. Hơn nữa, hàng ngàn người Albania đã bị đuổi khỏi Hy Lạp và bị buộc tội cộng tác với lực lượng chiếm đóng. Trong thời kỳ chiếm đóng của Đức, hầu hết người Do Thái ở Albania đều được cứu.
Hình dưới: Nụ hôn của hai du kích Albania ăn mừng giải phóng Tirana năm 1944.
