Chiến tranh giành độc lập Croatia xảy ra trong khoảng thời gian từ năm 1991 đến năm 1995. Ở Croatia, cuộc chiến này được biết với cái tên dân tộc chủ nghĩa là “Chiến tranh Tổ Quốc” (Domovinski rat) hoặc tên “Cuộc gây hấn Đại Serbia” (Velikosrpska agresija). Về phía Serbia, cái tên “Chiến tranh ở Croatia” (Rat u Hrvatskoj) và “Chiến tranh ở Krajina” (Rat u Krajini) thường được sử dụng. Cuộc chiến khiến khoảng 20.000 người chết cả hai phía.
Đa số người Croat muốn Croatia rời Nam Tư và trở thành một quốc gia có chủ quyền, trong khi nhiều người dân tộc Serbia sống ở Croatia, được Serbia ủng hộ, phản đối việc ly khai và muốn các vùng đất do người Serb tuyên bố trở thành một nhà nước chung với Serbia. Croatia tuyên bố độc lập vào ngày 25/6/1991, nhưng đồng ý hoãn lại bằng Thỏa thuận Brioni và cắt đứt mọi quan hệ còn lại với Nam Tư vào ngày 8/10/1991.
Quân đội nhân dân Nam Tư (JNA) ban đầu cố gắng giữ Croatia bên trong Nam Tư bằng cách chiếm toàn bộ Croatia. Sau khi thất bại, các lực lượng Serb đã thành lập Nhà nước cộng hòa Krajina (RSK) tự xưng trong lãnh thổ Croatia. Sau khi ngừng bắn vào tháng 1/1992 và quốc tế công nhận Cộng hòa Croatia là một quốc gia có chủ quyền, Lực lượng Bảo vệ Liên hợp quốc (UNPROFOR) đã được triển khai và chiến đấu phần lớn trong ba năm sau. Trong thời gian đó, RSK có diện tích 13.913 km vuông, hơn 1/4 diện tích Croatia. Năm 1995, Croatia tiến hành hai cuộc tấn công lớn được gọi là Chiến dịch Flash và Chiến dịch Bão tố, giúp kết thúc chiến tranh một cách có lợi cho nó một cách hiệu quả. Binh lính của Liên hợp quốc ở khu vực Đông Slavonia, Baranja và Tây Sirmium đã giúp sát nhập một cách hòa bình vào Croatia vào năm 1998.
Chiến tranh kết thúc với chiến thắng của Croatia, vì họ đã đạt được các mục tiêu mà họ đã tuyên bố vào đầu cuộc chiến: độc lập và bảo tồn biên giới của mình. Khoảng 21–25% nền kinh tế của Croatia đã bị hủy hoại, với ước tính khoảng 37 tỷ đô về cơ sở hạ tầng bị hư hỏng, sản lượng bị mất và các chi phí liên quan đến người tị nạn.
Năm 1999, Croatia kiện Serbia ra Tòa Công lý Quốc tế với cáo buộc diệt chủng, cụ thể qua việc cưỡng bức di cư, giết hại, tra tấn hay giam cầm bất hợp pháp rất nhiều người Croatia. Zagreb yêu cầu Tòa buộc Belgrade bồi thường tài chính. Năm 2007, Tòa án Hình sự Quốc tế về Nam Tư cũ (ICTY) đã trả lại bản án có tội đối với Milan Marti, một trong những thủ lĩnh người Serbia ở Croatia, vì đã thông đồng với Slobodan Milošević và những người khác để tạo ra một “nhà nước Serbia thống nhất”. Giữa năm 2008 và 2012, ICTY đã truy tố các tướng Croatia là Ante Gotovina , Mladen Markač và Ivan Čermak vì bị cáo buộc tham gia vào các tội danh liên quan đến Chiến dịch Storm. Čermak được tuyên trắng án hoàn toàn, và bản kết tội của Gotovina và Markač sau đó đã bị lật lại bởi một Hội đồng kháng cáo ICTY.
Đến năm 2010, Serbia kiện ngược lại trong vụ này. Zagreb cũng bị cáo buộc diệt chủng. Theo Belgrade, khoảng 200.000 người Serbia đã phải bỏ chạy khỏi Croatia. Serbia đòi Croatia bồi thường cho nạn nhân và bỏ ngày Chiến thắng 5/8, ngày lễ chính thức của nước này.
Để bác bỏ cáo buộc của hai bên, các thẩm phán đã dựa vào các truy tố của Tòa Hình sự Quốc tế về Nam Tư, chống lại các thủ phạm chiến tranh Balkan trước đây. Tòa nhấn mạnh, không có bất cứ cá nhân nào, kể cả cựu Tổng thống Nam Tư Slobodan Milosevic bị truy tố về tội diệt chủng trên đất Croatia. Trong quá khứ, lãnh đạo hai nước láng giềng Croatia và Serbia từng có dự định từ bỏ việc khiếu kiện.
Ngày 3/2/2015, Tòa Công lý quốc tế – có trụ sở tại La Haye – ra phán quyết cả hai bên Serbia và Croatia không phạm tội diệt chủng trong cuộc xung đột 1991- 1995. Trong phần thông báo phán quyết của phiên tòa, người đứng đầu Tòa án Công lý Quốc tế, thẩm phán Peter Tomka, nhấn mạnh: Diệt chủng là hành động có mục tiêu hủy hiệt một nhóm người, ít nhất cũng là một bộ phận của nhóm đó, nhưng nếu như hai phía đã phạm phải nhiều tội ác, những hành động này không có mục đích hủy diệt một nhóm sắc tộc khác, mà nhằm cưỡng bức họ đi nơi khác. Thẩm phán Tomka nhắc lại một trong những biến cố đen tối nhất trong cuộc chiến tranh tại Croatia, cuộc vây hãm Vukovar, nơi 1.600 người, trong đó có 1.100 thường dân đã bị lực lượng Serbia giết hại. Các thẩm phán kêu gọi hai bên ngồi lại với nhau và nhận phần trách nhiệm của mình, đặc biệt đối với các nạn nhân chiến tranh.
Tòa án Liên Hiệp Quốc kêu gọi hai bên hợp tác vì hòa bình và ổn định trên bán đảo Balkans. Phán quyết này chấm dứt vụ kiện kéo dài từ năm 1999. Trước đó hai phía thông báo sẵn sàng tôn trọng phán quyết của tòa. Theo Bộ trưởng Tư pháp Croatia, riêng việc vụ này được xét xử tại Tòa án Công lý Quốc tế đã là một thành công: mục đích của khiếu nại là cho thấy những gì xảy ra trong chiến tranh. Theo các nhà phân tích, giải pháp tốt nhất cho vụ kiện là một phán quyết không có một bên được, bên mất, và dù có kết quả thế nào, vẫn còn phải thêm nhiều thời gian nữa, quan hệ giữa hai quốc gia Balkan mới bình thường hóa thực sự.
