Lịch sử Miến Điện những năm từ thế kỷ 13 trở đi là một giai đoạn hết sức biến động và phức tạp, bởi sự xâm lược của Mông Cổ và cuộc chiến sắc tộc. Năm 1289, sau lần viễn chinh Đại Việt lần 3 thất bại, Hốt Tất Liệt xua quân tấn công Miến Điện, nhà Pagan diệt vong, kéo theo sự suy tàn của đế chế Miến Điện thứ nhất.
Tuy nhiên, Hốt Tất Liệt ko duy trì việc thống trị ở Miến được lâu, thì đã bị cuộc khởi nghĩa của 3 anh em người Shan đánh đuổi, dưới lực lượng khởi nghĩa của 3 anh em này, có nhiều thành phần dân tộc tham gia, tuy nhiên sau khi đánh đuổi được người Mông Cổ, thì các thành phần sắc tộc này lại xung đột đẫm máu, mở ra thời kỳ Ngũ Quốc Phân Tranh bao gồm:
1. Vương quốc Hathawaddy của người Môn cai trị vùng Hạ Miến
2. Liên minh các tiểu quốc Shan cai trị vùng Bắc Miến- và một phần tỉnh Vân Nam
3. Vương quốc Ava của người Shan miến hóa chiếm vùng trung tâm đồng bằng Miến Điện
4. Vương quốc Arakan của người Rakhine chiếm vùng Tây Miến, và một phần Bangladesh ngày nay
5. Vương quốc Toungoo chiếm vùng Đông Miến, bên bờ sông Irrawaddy.
Trong 5 vương quốc này, vương quốc Toungoo có tiềm lực yếu hơn cả, khởi đầu nó vốn chỉ là một ngôi làng tị nạn của dân Miến chạy loạn khởi người Mông Cổ, bên bờ sông Irrawaddy.
Tuy nhiên , đến cuối thế kỷ 15, vua đời thứ tư của Taungoo là Mingyinyo (còn viết là Minkyinyo, 1486-1531) đã lãnh đạo đất nước một cách xuất sắc, phát triển mạnh mẽ nông nghiệp, mở rộng lãnh thổ đến tận sông Sittaung ở phía nam Ava vào khoảng năm 1510. Khi người Shan xâm chiếm Ava năm 1527, một lần nữa nạn dân người Miến lại đổ về Taungoo, góp phần làm cho Taungoo thêm mạnh.
Sau đó, Taungoo đã đánh bại quốc gia Mohnyin của người Shan ở Bắc Myanma.
Đến đời vua Tabinshwehti, Taungoo đã thống nhất được phần lớn lãnh thổ Myanma, và tiến quân về phía nam tới đồng bằng Ayeyarwady và chiếm kinh đô của quốc gia người Môn Hanthawaddy ở Pegu (thành phố Bago ngày nay). Tabinshwehti xưng là vua của toàn cõi Myanma và rời đô về Pegu. Việc dời đô này đã giúp cho triều Taungoo phát triển được thương mại, làm giàu đất nước. Nhờ đó, quân đội Taungoo được tăng cường và tiến quân về miền biển Rakhine chinh phạt vương quốc Mrauk U của người Rakhine. Tuy thất bại ở Mrauk U, nhưng Taungoo đã kiểm soát được phần lớn Hạ Miến tới tận Prome (thành phố Pyay hiện nay). Rút quân từ phía tây sang phía đông, Tabinshwehti tấn công vương quốc Ayutthaya của người Thái, nhưng lại bị đánh bại. Chuyến hướng lên phía bắc, quân đội Taungoo lại thua ở Ava. Những thất bại quân sự liên tục đã dẫn tới những cuộc nổi loạn từ phía quân đội. Tabinshwehti đã bị ám sát vào năm 1550.
Tướng Bayinnaung, đồng thời là anh rể Tabinshwehti, trở thành vua Taungoo. Là một người mạnh mẽ và có tài, vua Bayinnaung đã chinh phạt thành công nhiều vùng đất, kể cả Manipur (1560) và Ayutthaya (1569), Mong Mao (của người Shan, ở Vân Nam ngày nay), Lan Na (bắc Thái Lan), và Lan Xang (Lào).[2] Myanma lúc này trở thành quốc gia hùng mạnh bậc nhất Đông Nam Á, với biên giới mở rộng tới tận Lào và Bangkok ngày nay.
Tuy nhiên, những cuộc chiến tranh liên tục đã làm Taungoo kiệt quệ tài nguyên và nhân lực. Taungoo đã không tiêu diệt được các quốc gia mà nó xâm chiếm mà chỉ thiết lập cai trị lỏng lẻo. Nên sau khi vua Bayinnaung qua đời, các nước phụ thuộc đều lần lượt giành lại độc lập.
Kết quả là con của Bayinnaung là Nanda Bayin đã phải dời đô về phía nam ở Ava, sử sách gọi đây là triều Hậu Toungoo, không còn khí lực như thời Tiền Toungoo nữa. Triều Toungoo ngày càng suy yếu, cho đến năm 1752 thì bị người Môn tiêu diệt, kết thúc thời kỳ huy hoàng của Đệ Nhị Đế Chế Miến Điện