Trận đánh nổ ra ngay sau khi mặt trời mọc. Nó rất ác liệt và kéo dài. Lúc đầu, quân Phổ và đồng minh Saxony đánh rất gan dạ, ngoan cường. Sau đó là vừa đánh vừa lui. Nhưng Napoleon ra lệnh cho quân Pháp từ hai cánh mở gọng kềm bao vây quân Phổ, pháo binh phối hợp chặt chẽ với bộ binh, nhanh chóng chiếm ưu thế trên chiến trường. Quân Phổ tuy rất gan lì nhưng không cơ động và cứng nhắc. Do khéo léo chỉ huy các quân đoàn tinh nhuệ của mình nên Napoleon đã thực hiện được kế hoạch của mình từng điểm một.
Ngay khi quân Phổ rút lui, kị binh nhanh chóng được tung ra truy kích. Kị binh Pháp đang hăng, chém sạch cả những kẻ xin hàng. Quân Phổ hoàn toàn bị đánh bại, chỉ có một bộ phận nhỏ là rút lui có trật tự, còn lại là bị giết chết, bị thương hoặc bị bắt (phần này chiếm số đông nhất). Cùng ngày hôm đó, quân đoàn của Davout đã đánh tan đạo quân của nguyên soái Brunswick ở Auerstad. Trận đánh đó, quân Pháp mất chừng 7000 quân và quân Phổ mất khoảng 13000 quân. Còn ở Jena, quân Pháp mất 5000 quân và quân Phổ tổn thất 25000 quân. Như vậy, chỉ trong một ngày, toàn bộ quân chủ lực Phổ đã bị tiêu diệt.
Ngày 27/10/1806, 19 ngày sau khi chiến tranh bùng nổ và 13 ngày sau trận Jena và Auerstad, Napoleon ca khúc khải hoàn tiến vào Berlin giữa tiếng nhạc chào mừng. Ông ban hành Nghị định Berlin thực hiện Hệ thống lục địa của mình. Trong khi các lực lượng Phổ và Vua Frederick William III của họ chạy về phía đông đến Königsberg ở Đông Phổ để tiếp tục kháng cự, thì Hiệp ước Tilsit sau đó đã buộc Phổ phải nhượng lại một phần lớn lãnh thổ của mình và chấp nhận cho quân Pháp đồn trú trong các pháo đài và khu định cư chính của mình. Phổ buộc phải trả các khoản bồi thường lớn và bản thân Berlin vẫn bị chiếm đóng cho đến đầu năm 1813. Một đồn trú cũng được thành lập tại Thành Spandau gần đó .
Sau khi Napoléon rút lui khỏi Moscow vào năm 1812, các lực lượng Phổ phục vụ cho quân Pháp đã chuyển phe và ủng hộ Nga. Điều này kết hợp với các cuộc nổi dậy lớn trên khắp lãnh thổ Phổ, buộc quân đội Pháp phải rút lui và từ bỏ Berlin. Thành phố sau đó trở thành mục tiêu chính cho người Pháp, những người cố gắng tái chiếm nó trong Chiến dịch Đức năm 1813 , chỉ kết thúc bằng việc quân Pháp phải rút lui hoàn toàn sau Trận chiến Leipzig.
Mặc dù Berlin trước đó đã bị đột kích hai lần trong Chiến tranh Bảy năm , sự chiếm đóng của nó là một đòn giáng mạnh vào giới lãnh đạo Phổ. Nó đã phá hủy danh tiếng mà Quân đội Phổ đã đạt được của Frederick Đại đế . Sau khi đến Berlin, Napoléon đã đến thăm lăng mộ của Frederick và được cho là đã nói với lính của mình rằng: Hãy ngả mũ cho các quý ông, nếu ông ấy còn sống thì chúng ta sẽ không ở đây ngày hôm nay. Đây đã trở thành một khung cảnh mang tính biểu tượng trong văn hóa Đức, được miêu tả trong các bộ phim của Phổ như Old Fritz (1927) và Kolberg (1945).
Sau khi Berlin sụp đổ, một phong trào cải cách lớn đã được phát động nhằm khôi phục hiệu quả chiến đấu của Quân đội Phổ và đổi mới quốc gia nói chung nhằm lên kế hoạch cho một cuộc chiến trả thù chống lại Pháp. Các lực lượng Phổ được cải tổ đóng một vai trò quan trọng trong cuộc rút lui sau đó của Pháp khỏi Đức vào năm 1813-14, và trong thất bại cuối cùng của Napoléon trong Chiến dịch Waterloo năm 1815.
Nguồn: Lịch sử thế giới hiện đại
