Vào ngày 15/1, trên một con đường gần Đại học Tokyo – địa điểm tổ chức thi tuyển sinh đại học (Quận Bunkyo, nhà ga Tokyo), 2 thí sinh năm 3 trung học (1 nam 1 nữ) và 1 cụ ông (72 tuổi) đã bị đâm bằng dao. Theo lời của các điều tra viên, gần hiện trường vụ án xuất hiện dấu vết của các đám cháy nhỏ rải rác ở khoảng 9 nơi trong khuôn viên ga Todaimae thuộc tuyến Tokyo Metro Namboku. Bộ phận Phụ trách Vụ án của trẻ vị thành niên thuộc Sở Cảnh sát Thủ đô đã cho điều tra và bắt giữ một nam sinh năm hai trung học tư thục (17 tuổi, quê quán Nagoya) vì bị tình nghi với tội danh cố ý giết người và cũng đã lên kế hoạch tấn công bừa bãi bằng nhiều phương thức khác như phóng hỏa.
Vụ án xảy ra vào 8h30 sáng ngày 15, gần cổng chính khuôn viên Yayoi của khoa nông nghiệp Đại học Tokyo ở số 1 Yayoi, quận Bunkyo. Ngay trước đó, vào khoảng 8h25, đã xảy ra vô số vụ cháy nhỏ bên trong ga Todaimae, cách hiện trường khoảng 70m.
Theo các điều tra viên, có vết tích cháy ở 8, 9 vị trí như sân ga, khu vực gần cửa soát vé và cầu thang dẫn đến lối ra mặt đất. Một camera an ninh tại nhà ga đã ghi lại hình ảnh một người, trông có vẻ là một thanh niên, đã cầm một vật trông giống như một loại thiết bị đánh lửa. Bộ phận Phụ trách Vụ án của trẻ vị thành niên tin rằng nghi phạm đã liên tục ném mối lửa đi khắp bên trong ga.
